2041 год. В результате масштабных прорывов в области кибернетики люди получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Сотрудница 9-го отдела службы безопасности майор Мотоко Кусанаги занимается расследованием дела, связанного с загадочным хакером, известным под псевдонимом Кукловод.
В ходе операции она сталкивается со сложной сетью цифровых преступлений, где каждый шаг приближает её к разгадке личности этого таинственного злоумышленника. Технологии протезирования становятся как преимуществом, так и уязвимостью в этом противостоянии, где граница между человеком и машиной постепенно стирается.